현재 메르스는 병의 원인을 직접 제거하는 치료약이나 감염을 예방하는 백신이 없다. 이 때문에 증상을 완화하기 위해 기존에 사용하던 항바이러스제를 사용하고 있다. 치료제는 인터페론, 리바비린 등이다.
인터페론은 바이러스를 파괴하는 효과가 있다. 바이러스의 RNA를 분해해 증식을 억제하며, 면역조절 작용도 한다. 하지만 투약 초기에 오한, 발열, 근육통, 두통, 오심(메스꺼움) 등이 발생할 수 있으며, 심할 경우 탈모, 체중감소, 불안, 우울, 골수억제, 갑상선 기능장애 등의 부작용이 올 수도 있다. 간기능이 약한 사람은 부작용이 더 심하게 나타날 수 있으며 2~4주마다 혈액검사를 통해 백혈구와 혈소판 감소 유무를 확인해야 한다. 임산부나 수유중인 여성은 투약할 수 없다.
리바비린 역시 바이러스 증식을 억제하지만, 단독으로 사용할 경우 효과가 없어 인터페론과 함께 투여한다. 리바비린의 부작용으론 적혈구 파괴작용이 있는데, 이로 인해 투약자가 빈혈을 일으키는 경우가 있다. 1달 이상 장기 투약시엔 수혈을 받을 수도 있으며, 그 외에 피부의 가려움증, 기침 등이 동반된다. 높은 확률로 태아의 기형을 유발하기 때문에 투약 중 아이를 가져서는 안 된다.