정부가 연구과제중심제도(PBS) 폐지를 선언하며 인건비 걱정 없는 연구 환경을 약속했음에도 불구하고, 2026년 6월 29일 현재 정부출연연구기관(출연연) 현장에서는 인건비 재원 불안감에 신규 수탁과제를 쫓는 아이러니한 상황이 드러나, 과학기술정보통신부(과기정통부)가 뒤늦게 전수 점검에 나서는 등 '인건비 독립'을 향한 정책과 현장 간 엇박자가 심화되고 있다.
과기정통부는 지난 4월 이 같은 충격적인 현실을 뒤늦게 파악했다. 국가과학기술연구회(NST)를 통해 전 출연연의 신규 수탁 현황을 전수 점검하고 필요성에 대한 근거를 요구한 것으로 확인됐다. 이 자료는 내년 출연금 배정에도 일부 반영될 예정이다.
정부는 지난해 PBS 폐지를 선언하며 연구자들이 인건비 걱정 없이 안정적으로 연구에 몰입할 수 있는 환경을 만들겠다고 공언했다. 5년간 PBS 기반 수탁과제를 출연금으로 단계적으로 전환하고, 당장 올해부터는 인건비 확보 목적의 신규 수탁은 불필요하다고 제시했다.
그러나 정부의 PBS 폐지 선언에도 불구하고, 인건비 보전을 위한 세부 제도 설계가 현장에 충분히 전달되지 않으면서 출연연은 내년도 인건비 재원에 대한 불안감을 떨치지 못했다. 결국, 올해 연초부터 인건비 확보를 목적으로 상당수의 신규 수탁과제를 추가로 확보하는 상황이 벌어졌다. '인건비 독립'이라는 정책 목표가 현장의 불안감 앞에 무색해진 것이다.
연구 현장에서는 PBS 폐지 과도기적 조치인 5년간의 인건비 담보 불확실성에 대한 우려가 꾸준히 제기돼 왔다. 방승찬 전 한국전자통신연구원(ETRI) 원장은 지난 4월 '5년 후에라도 인건비 재정을 충당토록 하면 좋겠다'며 현장의 불안감을 대변했다. 일부 출연연 관계자들은 신규 수탁과제를 원칙적으로 제한할 경우, 출연연이 맡을 수 있는 핵심 연구 역량이 오히려 능력 낮은 다른 기관으로 이관될 수 있다는 부작용도 우려한다.
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이에 정부는 지난 26일 추가적인 대책을 내놓았다. 전략연구사업 내 인건비도 내년부터 바로 출연금으로 전환하기로 했으며, 내년에는 신규 정부수탁을 원칙적으로 제한하고 관련 지침을 올해 하반기 마련하겠다고 밝혔다.
하지만 이 같은 조치에도 불구하고 복잡한 현실과 난제는 여전하다. 국회입법조사처는 지난 4월 보고서를 통해 PBS 폐지가 부처 예산을 다른 부처에 이관하는 셈이므로 조직 간의 이해와 충돌이 발생할 수 있다고 지적한 바 있다. 또한, 내년부터 예외적으로 허용되는 수탁과제에는 인건비를 편성하지 않기로 하면서, 오히려 다른 부처가 인건비 부담 없이 출연연에 과제를 맡길 유인이 커질 수 있다는 역설적인 분석도 나온다.
과기정통부 관계자는 이와 관련해 '정책적 판단에 따라 수탁 과제를 분류할 것'이라며, '기존에 수주한 과제는 취소하지 않을 것'이라고 밝혔다. 또한 '올해는 오랜 검토를 거쳐 내년부터 안정적으로 운영해 나갈 계획'이라고 덧붙였다.
정부가 지난 26일 추가 대책을 내놓으며 정책 정교화에 나섰음에도 불구하고, PBS 폐지의 본래 취지인 '인건비 불안 없는 안정적 연구 환경 조성'까지는 부처 간 이해관계 조율, 현장의 특성 고려 등 복잡한 과제들이 산적해 있다. 과기정통부가 '내년부터는 더 일찍 준비해 안정적으로 운영해 나갈 계획'이라고 밝힌 만큼, 연구 현장의 기대에 부응하는 실질적인 제도 안착을 위한 지속적인 노력이 요구된다.
